Beberapa tahun belakangan ini, wisata dan kunjungan ke Jepang mendapat minat lebih besar di kalangan masyarakat Indonesia. Hal ini terlihat dari melimpahnya antrian pengajuan visa di Jepang, Menanggapi hal ini, pihak Kedutaan Besar Jepang untuk Indonesia yang berkedudukan di Jakarta, telah mewakilkan pengurusan pengajuan Visa Jepang pada VFS Global dalam bentuk Japan Visa Application Center, yang aktif per tanggal 15 September 2017 ini.
Dengan perubahan ini, mereka yang berada di yurisdiksi Kedutaan besar Jepang di Jakarta dan berminat mengajukan visa Jepang, tidak bisa lagi mengajukan visanya di Kedutaan Jepang, melainkan di Pusat Pengajuan Visa Jepang (JVAC). Pengecualian untuk hal ini adalah dalam hal registrasi bebas visa untuk e-paspor yang bisa dilakukan baik di Kedubes maupun di JVAC, penerbitan visa diplomatik dan visa dinas serta transfer visa dari paspor lama ke paspor baru yang hanya bisa dilakukan di Kedubes Jepang, serta penerbitan visa yang berkaitan dengan masalah darurat kemanusiaan.
Selain itu, beberapa perbedaan lain yang muncul terkait hal ini di antaranya adalah waktu pengajuan visa di JVAC yang lebih panjang, yaitu dari pukul 9.00-17.00 dan waktu pengambilan visa di JVAC dilayani dari pukul 10.00-15.00, selain itu jumlah loket pengurusan visa di JVAC akan lebih banyak dari di Kedubes Jepang, yaitu sebanyak 15 loket. Di JVAC sendiri diadakan layanan-layanan seperti bantuan pengisian formulir aplikasi, photo booth, dan fotokopi.
Perbedaan paling signifikan dari sistem baru ini dibanding sistem lama, adalah bahwa dalam sistem lama di mana pengajuan dilakukan di Kedubes Jepang, pemohon bisa datang begitu saja tanpa reservasi, dengan sistem baru ini, pemohon visa Jepang dapat melakukan reservasi waktu pengajuan visa terlebih dahulu melalui website resmi JVAC, di samping datang langsung ke kantor JVAC. Di sistem baru ini, pemohon juga dapat memeriksa status aplikasinya melalui internet dan layanan sms.
Perbedaan lain yang cukup signifikan adalah proses pengajuan visa akan memakan waktu 5 hari kerja termasuk hari pengajuan, dan memakan biaya administrasi sebesar Rp. 115.000 untuk pengajuan visa, dan Rp. 115.000 untuk pengajuan registrasi bebas visa, di luar biaya visa yang akan dibebankan jika permohonan visa diterima. Penting untuk diingat bahwa meskipun semua pengurusan dokumen pengajuan ditangani oleh JVAC, namun semua keputusan mengenai lolos atau tidaknya pengajuan visa tetap sepenuhnya berada di pihak Kedubes Jepang.
Perubahan ini hanya diberlakukan untuk mereka yang berada di bawah yurisdiksi Kedutaan Besar Jepang di Jakarta, sehingga mereka yang berada di wilayah yurisdiksi Konsulat Jenderal Jepang Surabaya, Medan, Denpasar, dan Kantor Konsuler Makassar tetap mengurus visa Jepang mereka di kantor Konjen atau Konsuler masing-masing. Japan Visa Application center sendiri berlokasi di lantai 4 Lotte Shopping Avenue, Jl. Prof. Dr. Satrio, Jakarta, dan tutup pada hari Sabtu, Minggu, dan hari libur kedutaan Jepang, yang biasanya mencakup hari libur nasional Indonesia dan Jepang.